增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可等于人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。
增值税普通发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为两联：发票联和记账联。
增值税专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：
第一联：记账联，是销货方发票联，是销货方的记账凭证，即是销货方作为销售货物的原始凭证，在票面上的“税额”指的是“销项税额”，“金额”指的是销售货物的“不含税金额价格”发票三联是具有复写功能的，一次开具，三联的内容一致第一联是记账联（销货方用来记账）；
第二联是抵扣联（购货方用来扣税）；
第三联是发票联（购货方用来记账）；
四联：
第一联 蓝色 存根联
第二联 棕色 发票联
第三联 绿色 抵扣联
第四联 黑色 记账联
各联的作用：
第一联：存根联，销货方留存备查。
第二联：发票联，购货单位作付款的记账凭证。
第三联：税款抵扣联，购货方作扣税凭证。
第四联：记账联，销货方作销售的记账凭证。
其中，发票联，作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联，作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；记账联，作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。其他联次用途，由一般纳税人自行确定。
（1）增值税专用发票是商事凭证，由于实行凭发票购进税款扣税，购货方要向销货方支付增值税，因此也是完税凭证，起到销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明的作用。
（2） —种货物从最初生产到最终消费之间的各个环节可以用增值税专发票连接起来，依据专用发票上注明的税额，每个环节征税，每个环节扣税，让税款从上一个经营环节传递到下一个经营环节，一直到把商品或劳务供应给最终消费者，这样，各环节开具的增值税专用发票上注明的应纳税额之和，就是该商品或劳务的整体税负。因此，体现了增值税普遍征收和公平税负的特征。
专用发票与普通发票的区别：
增值税专用发票是我国为了推行新的增值税制度而使用的新型发票，与日常经营过程中所使用的普通发票相比，有如下区别：
1．发票的印制要求不同：
根据新的《税收征管法》第二十二条规定：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
2．发票使用的主体不同：
增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3．发票的内容不同：
增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
4．发票的联次不同：
增值税专用发票有四个联次和七个联次两种，第一联为存根联（用于留存备查），第二联为发票联（用于购买方记账），第三联为抵扣联（用作购买方扣税凭证），第四联为记账联（用于销售方记账），七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用；普通发票则只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
5．发票的作用不同：
增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
识别增值发票真伪，主要从以下四个方面：
首先看是否有“发票监制章”，其形状为椭圆形，上环刻制“全国统一发票监制章”字样，下环刻制“XX税务局监制“字样，中间刻制国税、地税机关所在地的省、市全称或简称，字体为正楷，印色大红色，套印在发票联的票头中央；其次，看发票的底纹有没有棱形的水印纸，没有棱形水印纸的是假发票；再次，使用发票防伪鉴别仪器，看发票监制章和发票联号码，是否使用了防伪油墨，使用了防伪油墨的，呈现出红色的萤光，没有使用的，在发票防伪鉴别仪器下看不出来；另外要看开具发票的单位与发票上盖的单位章是否一致，如果不一致，则是非法发票。普通发票的特征；从1997年1月1日起，全国更换使用具有统一防伪措施的新版普通发票具有：
一、采用专用水印纸印刷，水印图案为菱形，中间标有SW字样，发票联不加印底纹。
二、制章和发票号码采用有色荧光油墨套印，印色为大红色，在紫外线照射下为橘红色反应。
三、不具备使用水印无碳压感条件的地区，可暂时使用无水印普通无碳压感纸印制的发票联，但发票监制章及发票号码采用有色荧光油墨套印等三个特征。增值税专用发票特征；
一是在发票联和抵扣联印有水印图案。即有两组4个标准的税微图案组成的环形，中间有正反税字的拼音字母SHUI。将专用发票联和抵扣联背面对光检查，可以看见水印防图案。
二是有红色荧光防伪标记。发票联和抵扣联中票头套印的是全国统一发票监制章，采用红色荧光油墨印刷，在紫外钱灯发票鉴别仪照射下呈洋红色反应。
三是有无色荧光防伪标记。即在发票联和抵扣联的中间采用无色荧光油墨套印国家税务总局监制字样和左右两边的花纹图案、用肉眼是看不见的，用紫外线灯发票鉴别仪器照射呈洋或红色荧光反应。
发现的假发票，一类是伪造的，另一类是变造的。伪造的，其纸质、字体、防伪图案、版面印色等均不同于真发票，在其印制的联次、字轨号码或将订顺序上，经常出现混乱和错位现象；变造的发票，是在真发票上采用刮、擦、挖补等手段，更改或增添发票上的有关内容。
增值税防伪税控系统是强化专用发票的防伪功能，避免收取假发票有力手段.企业从税务机关领购专用发票时，需持由税务机关统一核发的 税控IC卡，由税务部门通过企业发行子系统将企业所购发票的 起止范围登记在其税控IC卡上，同时有关这些发票的流向信息 被登记在企业发行子系统中。这样，税务部门在发票的发放环节便掌握了专用发票使用的重要信息。便于加强控制的管理。
在开票过程中，利用防伪开票子系统提供的加密功能，将发票上的主要信息（包括开票日期、发票代码、发票号、购销双方的税务登记号、金额和税额等）经数据加密形成防伪电子密码（也称密文）打印在发票上，同时将用于加密的所有信息逐票录到金税卡的黑匣子中。如需识别一张发票的真伪，可通过数据扫描仪或键盘将发票上的密文输入认证报税子系统，采用字符识别技术将图像转换成数字信息经解密恢复出七项关键参数，再与发票上的相应内容比对，由于防伪增值税专 用发票是一票一密，因而比对结果一致则为真票， 若不相符即为假票。
新版增值税专用发票升级了防伪密码，密码解析后信息包括了购销双方的企业名称。个别试点地区专用发票密码区还使用二维码的设计。
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