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税前扣除必须符合真实性原则，发票是证明成本费用真实发生的重要凭据，因此发票成了税前扣除的主要凭证，自然也是汇算清缴过程中重点审查的内容。对发票的审查主要有以下几个方面：
第一，要审查应取得发票的事项是否都取得了发票。《进一步加强税收征管若干具体措施》(国税发[2009]114号)第六条规定，加强企业所得税税前扣除项目管理，未按规定取得合法有效凭据不得在税前扣除。发票管理办法第二十条规定，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。应取得发票的对象是指所有单位和从事生产、经营活动的个人，应取得发票的事项是指购买商品、接受服务以及其他经营活动。一般情况下，只要是涉及货物与劳务税的业务都应当取得发票，也就是说，一笔业务如果对方要缴纳增值税或营业税，就应当从对方取得发票(自己开具农副产品收购凭证的除外)。比如，企业支付给本企业员工的工资、薪金，对方不用缴纳增值税或营业税，也就不用取得发票，只以工资表和相应的付款单据等作为税前扣除凭证。而企业发生劳务派遣人员工资、薪金时，对方要缴纳营业税，就应以劳务公司开具的发票、企业与劳务公司签订的用工合同等作为税前扣除凭证。
第二，要注重实质性审查。企业并非取得了发票就能税前扣除，发票所记载的经济业务必须是真实发生的才能扣除。因此，纳税人要对发票作实质性审查，审查发票是否与实际经济业务相符，销售方使用的是否是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的发票，开票方是否与收款方一致，销售方名称、印章、货物名称、数量、金额及税额等是否与实际相符等等，如果不相符，那就是虚开的发票或非法代开的发票。纳税人取得虚开、非法代开的发票既不能用于增值税进项抵扣，也不能作为所得税税前扣除凭证。
特别提示，按发票管理办法的规定，纳税人“让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”是虚开发票的行为，比如说要求商家将烟酒开成办公用品等，将受到重罚，甚至被追究刑事责任。当然，如果是善意取得虚开的发票，按规定可不受处罚，但所取得的发票也不能作为合法有效的税前扣除凭证。
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