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《国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税管理办法》（国家税务总局公告2012年第24号）规定，对生产企业已申报办理免抵退税的出口货物，如果跨年度发生退运，或者跨年度依照规定应当适用免征增值税政策，或者跨年度依照规定应当适用征收增值税政策，生产企业应当依照规定补缴免抵退税额。由于适用政策不同，其相应会计处理也各不相同。
生产企业退运，补缴免抵退税额的处理
生产企业出口货物跨年度发生退关退运，如果出口货物已申报办理免抵退税的，应当依照规定补缴已办理免抵退税额。对补缴的免抵退税额不得计入营业成本，应当红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目，相当于列作进项税额予以抵扣；同时将免抵退税不得免征和抵扣税额从成本中转回，红字借记“以前年度损益调整”科目，红字贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目。
例1，某纺织公司属于可以出口退（免）税申报后提供出口收汇核销单的生产企业，具有增值税一般纳税人资格。2011年10月，公司以一般贸易方式出口棉布一批，出口离岸价5130002.96元，征税率17%，退税率16%。该笔出口货物当月取得出口报关单退税联和电子信息，公司2011年11月办理免抵退税申报，单证信息齐全，计算免抵退税额820800.47元，其中出口退税420000元、免抵税额400800.47元。2012年3月，公司发生退关退运，主管税务机关通知公司依照规定补缴免抵退税款。
2011年10月出口销售时
借：应收账款 5130002.96
贷：主营业务收入——出口 5130002.96
2011年10月计算转出不予免征和抵扣税额
借：营业成本 51300.03
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）51300.03
2011年11月计算办理出口退税和免抵税额
借：其他应收款——应收出口退税 420000
应交税费——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额） 400800.47
贷：应交税费——应交增值税（出口退税）820800.47。
2012年3月退运冲减出口销售
借：应收账款-5130002.96
贷：以前年度损益调整 -5130002.96。
同时冲减出口销售成本，会计处理略。
2012年3月转回不予免征和抵扣税额
借：以前年度损益调整-51300.03
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）-51300.03。
2012年3月补缴免抵退税额
应补缴免抵退税额＝5130002.96×16%＝820800.47（元）
贷：应交税费——应交增值税（出口退税）-820800.47
贷：银行存款 820800.47
对退运的出口销售额，生产企业应在增值税申报表上用负数填写第七栏“免抵退办法出口货物销售额”；对补缴的免抵退税额，生产企业应当用负数填列第十五栏“免抵退货物应退税额”；对转回的免抵退税不得免征和抵扣税额，生产企业应当用负数填列在增值税纳税申报表附列资料（表二本期进项税额明细）第十八栏“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”。
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