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规范“营改增”试点纳税人差额征税操作，既涉及试点企业的税收利益，又关系到税务机关的税务管理。在具体工作中，试点纳税人应把握好政策导向，重点关注差额征税项目备案和扣除项目凭证审核等重点环节。
政策规定
《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）规定了6项差额征税业务，具体包括：
一是经批准从事融资租赁业务的纳税人，提供有形动产融资租赁服务（融资性售后回租除外），以收取的全部价款和价外费用，扣除支付的借款利息（包括外汇借款和人民币借款利息）、发行债券利息、保险费、安装费和车辆购置税后的余额为销售额；提供有形动产融资性售后回租服务，以收取的全部价款和价外费用，扣除向承租方收取的有形动产价款本金，以及对外支付的借款利息（包括外汇借款和人民币借款利息）、发行债券利息后的余额为销售额。
二是注册在北京市、天津市、上海市、江苏省、浙江省（含宁波市）、安徽省、福建省（含厦门市）、湖北省和广东省（含深圳市）9省市的试点纳税人提供除有形动产融资租赁服务以外的应税服务，在2013年8月1日前按有关规定以扣除支付价款后的余额为销售额的，此前尚未抵减（仅限于凭2013年8月1日前开具的符合规定的凭证计算）的部分，允许在2014年6月30日前继续抵减销售额，到期抵减不完的不得继续抵减。
三是航空运输企业的销售额，不包括代收的机场建设费和代售其他航空运输企业客票而代收转付的价款。
四是自本地区试点实施之日起，试点纳税人中的一般纳税人提供的客运场站服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给承运方运费后的余额为销售额。
五是试点纳税人提供知识产权代理服务、货物运输代理服务和代理报关服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。
六是试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。
操作规程
“营改增”试点纳税人实行差额征税，有具体项目、扣除内容、备案登记等明确规定和操作要求。
例如，某客运公司为试点交通运输增值税一般纳税人（未选择简易计税办法），2014年1月，该公司发生客运服务111万元（含税），其中支付给承运公司（小规模纳税人）费用10万元，不考虑进项税。客运公司要享受差额征税扣除，需进行如下操作：
在首笔业务纳税申报前到主管税务机关办理差额征税备案登记，并提供总分包合同、协议、《备案清单附列资料》等资料。经税务机关审核，方可实行差额征税。
确定当期销售额（含税）。以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给承运方运费后的余额为销售额（含税），当期销售额（含税）=（111-10）=101（万元）。
实际应纳税额=101÷1.11×11%=10.01（万元）。
办理纳税申报。在次月申报期内应根据取得的扣除项目合法有效凭证信息，逐一填列《应税服务扣除项目清单》、《增值税一般纳税人申报表》及附列资料办理纳税申报。
日常管理
加强备案事项的审核。对报送的资料与《备案登记需提供附列资料清单》所列项目进行比对，特别是对相关合同、协议、资金往来等情况进行分析，审核备案资料是否齐全、完整、有效，分析备案事项是否属于差额征税具体项目和扣除内容。
加强扣除凭证的审核。比如，审核扣除凭证与《备案登记需提供附列资料清单》所列内容是否一致，扣除凭证内容与对应的付款凭证、合同（协议）是否相符，支付给非试点纳税人价款中是否有已抵扣进项税额的货物、加工修理修配劳务的价款，支付给试点纳税人的价款是否取得增值税专用发票等。有以下情形的不得扣除：扣除凭证内容与实际情况不符的；支付给非试点纳税人价款中，已抵扣进项税额的货物、加工修理修配劳务的价款；支付给试点纳税人的价款，已取得增值税专用发票的。
加强纳税申报管理。一般纳税人提供“营改增”试点应税服务，需填报《增值税纳税申报表附列资料（三）》（应税服务扣除项目明细），其他一般纳税人不填写该附列资料。小规模纳税人填报《增值税纳税申报表（适用于增值税小规模纳税人）附列资料》。
注意事项
把握差额征税备案时限要求。试点纳税人提供应税服务差额征税的，应在首笔业务发生后纳税申报前向主管国税机关申请办理增值税备案登记，未按规定办理增值税备案登记的，不得按差额征税。
扣除项目应取得合法有效凭证。具体包括：支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证；支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证；融资性售后回租服务中向承租方收取的有形动产价款本金，以承租方开具的发票为合法有效凭证；扣除政府性基金或者行政事业性收费，以省级以上财政部门印制的财政票据为合法有效凭证；国家税务总局规定的其他凭证。
试点纳税人兼有多项差额征税应税服务经营的，应根据适用的差额征税政策按具体应税服务项目、免税和免抵退税应税服务项目分别核算含税销售额、扣除项目金额和计税销售额。例如，同时经营客运场站服务、货物代理服务、融资租赁服务等的纳税人，应对上述不同项目的应税服务分别核算含税销售额、扣除项目金额和计税销售额。
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