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“营改增”差额征税是原营业税差额征税优惠政策的延续。“营改增”差额征税应做到合法、真实、完整，即准予扣除项目必须符合税收法律、法规、规章和财政部、国家税务总局规范性文件的规定，属于实际发生并能提供合法有效凭证，以清单形式逐笔如实申报。
“营改增”差额征税的政策规定
进行差额征税申报的应税服务，必须是国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，具体包括：1.交通运输业：运输分包业务、联运业务。2.部分现代服务业：试点物流承担的仓储业务、勘察设计单位承担的勘察设计劳务。3.代理业：知识产权代理、广告代理、货物运输代理、船舶代理服务、无船承运业务、包机业务和代理报关业务。4.有形动产融资租赁，指经人民银行、商务部（包括商务部成立前原外经贸部、原国家经贸委）批准经营融资租赁业务的单位所从事的融资租赁业务。
要注意，扣除项目应严格按政策执行，不得擅自扩大。如试点物流承担的仓储业务允许扣除价款的项目，是付给其他仓储合作方的仓储费；勘察设计单位承担的勘察设计劳务允许扣除价款的项目，是支付给其他勘察设计单位或个人的勘察设计费；有形动产融资租赁允许扣除价款的项目，是出租方承担的出租货物的实际成本，包括由出租方承担的货物的购入价、关税、增值税、消费税、运杂费、安装费、保险费和贷款的利息（包括外汇借款和人民币借款利息）。还要特别注意，交通运输业差额征税扣除项目与进项税额抵扣不同，运输费用结算单据注明的装卸费、保险费等杂费，在差额征税时也可以扣除。
“营改增”差额征税的凭证要求
允许填入应税服务扣除项目清单扣除价款的项目，应当是取得符合法律、行政法规和国家税务总局有关规定的凭证。具体包括：1.支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证。差额征税与进项税额抵扣不同，对取得发票的种类上无具体要求，只要符合法律、法规和国家税务总局规定的发票都可以。2.支付的行政事业性收费或者政府性基金，以开具的财政票据为合法有效凭证。3.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的外汇支付凭证、签收单据为合法有效凭证。4.国家税务总局规定的其他合法有效凭证。
应注意的是，对纳税人试点以前的业务取得的凭证，纳税人应当向地税机关申报营业税差额征税，而不能申报增值税差额征税。纳税人支付可差额征税的扣除价款，取得公路、内河货物运输业统一发票，可作为进项抵扣凭证，在认证后申报抵扣，也可以作为差额征税的凭证。如作为差额征税凭证，则不需要认证，填入应税服务扣除项目清单，并按规定填报附表三即可。但对纳税取得非试点纳税人开具的增值税专用发票，应当认证并申报抵扣进项税额，不得作差额征收申报扣除。对纳税人取得的内河货物运输业统一发票已认证的，如不作为进项税额的抵扣凭证，而作为差额征税凭证的，在申报时应在进项税额明细中将这些发票剔除，再进行差额征税申报，不得既抵扣进项税额又进行差额征税申报。
“营改增”差额征税的填报事项
一是备案登记。差额征税纳税人在纳税申报前，应按规定到主管税务机关办理备案登记，未按规定备案的一般纳税人纳税申报表附表一第12列“应税服务扣除项目”、“本期实际扣除金额”不能填列。二是清单填报。作差额征税申报的纳税人，需填报应税服务扣除项目清单和申报表附表三（应税服务扣除项目明细）。“营改增”修改后增值税申报表共五张，一张主表、三张附表（分别为本期销售情况明细、本期进项税额明细和应税服务扣除项目明细）和一张《固定资产进项税额抵扣情况表》。附表一、附表二为一级附表，附表三是二级附表，附表一有关数据的填报需根据附表三的数据填列。申报表的填报顺序是先填二级附表，再填一级附表，最后填主表。具体顺序为附表三、附表一、《固定资产抵扣明细表》、附表二和主表。
具体要求：1.应税服务扣除项目清单中“凭证种类”为“发票”的，必须填写“开票方纳税人识别号”。2.清单“合计”栏数据中的“税额”应与增值税纳税申报表附列资料（三）减除项目本期发生额各栏数据之和一致。3.附表三（应税服务扣除项目明细）填报要求：不同税率的应税货物销售，其进项税额不必分开核算，只要是取得的进项税额都可以抵扣不同税率的销项税额。但由于差额征税扣除的是销售额，因此对不同税率的可差额征税的扣除项目必须分别核算，并在填报附表三时分不同的税率分别填报本期应税服务价税合计额和应税服务扣除项目的期初余额、本期发生额、本期应扣除金额、本期实际扣除金额、期末余额。附表三所需填列金额均为含税金额。
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