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增值税的最大优势是具有中性，即逐环节征税，逐环节抵扣，不重复征税，能够平衡税负。然而，在现实的经济活动中，增值税的纳税链条，也就是增值税应税产品的商品流转链条，常常因为各种原因而中断，增值税变得不再中性，甚至成为纳税人的负担。在“营改增”试点中，应深入研究增值税纳税链条不顺畅的原因，逐步采取措施加以克服，才能最大限度释放“营改增”的政策红利。
我国增值税纳税链条不顺畅，主要有七种原因。
第一，初级产品进入增值税纳税链条不顺畅。以农业初级产品、矿产品为代表的初级产品是整个货物流转的起点，其生产具有可抵扣进项少的特点，甚至有很多时候进项为零。为了照顾农业生产者，我国对农业初级产品采取了免税并计算抵扣的征税手段，而矿产品则全额计税。相应的，由于这两类初级产品的数量管理很难，增值税管理上出现了不同的问题。由于农业初级产品可以计算抵扣，收购者倾向于虚开农产品收购发票多抵扣增值税；矿产品产销则出现了瞒报产量，直接逃避缴纳税款的问题。随着“营改增”逐步推进，餐饮等行业改征增值税，农业初级产品的问题将更加突出。如果土地也进入增值税纳税链条，土地使用权出让如何征收增值税则是必然会面临的问题。
第二，适用征收率的纳税人不得抵扣造成了纳税链条的中断。考虑到部分纳税人核算不健全，为了简化计税方法，税法作出了小规模纳税人适用征收率制度的规定。相应的，小规模纳税人外销的货物无法抵扣进项税。一般纳税人从小规模纳税人购进货物，除购进农产品和取得税务局代开的专用发票外，不允许抵扣进项税。
第三，由于纳税人不符合征管规定而导致纳税链条的中断。例如，税法规定一般纳税人购进货物或者应税劳务，取得增值税专用发票不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣；辅导期一般纳税人取得的抵扣联交叉稽核比对没有返回比对结果或比对不符时，其进项税额不允许抵扣；实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的一般纳税人，取得进口增值税专用缴款书稽核比对不符的，其进项税额不允许抵扣等。税法中明确规定由于纳税人不符合征管规定而导致的纳税链条中断有十余项之多，这也成为一般纳税人在商品流转中不能抵扣的最主要原因。
第四，商品非正常退出流通领域造成纳税链条终止。税法规定购进货物或应税劳务（含运输费用）发生非正常损失的进项税额不允许抵扣。在产品、产成品发生非正常损失所耗用的购进货物或者应税劳务（含运输费用）的进项税额也不允许抵扣。上述非正常损失已将购进货物或者应税劳务进项税额申报抵扣的，应当将该项购进货物或者应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减。商品非正常原因退出流通领域，往往是商品的完全灭失，同时纳税链条终止。
第五，商品被视为退出流转而导致的纳税链条中断或者终止。这其中又分为两种情况。一种是商品确实退出了本企业的货物流通，例如税法规定用于集体福利或者个人消费（包括纳税人的交际应酬消费）的货物或者应税劳务以及随之发生的运费、销售免税货物的运输费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣，已申报抵扣的应作进项税额转出处理。另一种是出于征管的方便，将不易区分的应税货物视为在本环节消费而退出流转。
第六，增值税免税商品继续流转导致的纳税链条终止。增值税免税商品实际是纳税链条的终止，其对生产者、消费者都有影响。对生产者而言，免税商品并不真正“免税”，其要承担商品流转到本环节所负担的增值税。例如，税法规定纳税人在免税期内购进用于免税项目的货物或者应税劳务所取得的增值税扣税凭证，一律不得抵扣。这就产生了免税是否“合算”的问题。对于消费者而言，如果免税商品直接消费掉，不再进入下一流转环节，则为真免税，消费者将享受免税环节的税收减免；如果继续投入下一环节的商品流转，则为“假免税”，并且重新启动一个纳税链条，造成重复征税。
第七，由于税率差造成的税负分担不均衡而导致的纳税链条不畅。1994年税改完成后，增值税有两档税率，就产生了由于税率差造成的税负分担不均衡的问题。但由于两档税率之间的差较小，适用13%税率的商品较少等原因，该问题并不突出。“营改增”后，增值税目前有四档税率，税负分担不均衡的问题变得异常突出。具体分析，主要存在以下两种情况，一种是应税商品本环节税率高，上一环节税率低；另一种反之。无论是哪种情况商品的实际税负水平都等于最后一环节的税率。对于第一种情况而言，由于商品本环节税率高，实际上本环节将上一环节的税率差“补齐”了，本环节的纳税人就有了超额的税收负担。但考虑到目前这些低税率应税商品都来自于以前的营业税应税商品，暂时来看纳税人是可以接受的，长期运行则可能产生不良影响。另一种情况是低税率纳税人消费了高税率的上游商品，商品的实际税负降低了。如果该低税率商品被消费者、小规模纳税人、非增值税纳税人消费掉了，则是真的税收优惠；如果该低税率商品被高税率的纳税人消费掉，则如第一种情况，又一次产生了税负分担不均衡的问题。
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