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由于财务会计与税收会计的差异，纳税人往往对可供出售金融资产、内部研发无形资产和投资性房地产的所得税处理不当，遭受损失。纳税人在进行上述业务处理时，应遵照税法的规定。
可供出售金融资产的处理
可供出售金融资产，通常是指企业没有划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产、持有至到期投资、贷款和应收款项的金融资产。在会计处理上，资产负债表日，可供出售金融资产应当以公允价值计量，且公允价值变动计入资本公积（其他资本公积）。处置可供出售金融资产时，应将取得的价款与该金融资产账面价值之间的差额，计入投资损益；同时，将原直接计入所有者权益的公允价值变动累计额对应处置部分的金额转出，计入投资损益。
在税务处理上，可供出售金融资产属于企业所得税法第十四条规定的投资资产。对于可供出售的金融资产，在公允价值变动、计提资产减值损失、出售时会计和税法都可能存在差异，需要作出相应的调整。
内部研发无形资产的处理
《企业会计准则第6号——无形资产》规定，企业内部研究开发项目的支出，应当区分研究阶段支出与开发阶段支出。研究阶段的支出，应当于发生时计入当期损益；仅对于开发阶段中发生的部分支出，在符合一定条件的情况下，才能计入无形资产的入账价值。内部研发无形资产的后续计量主要是对使用寿命有限的无形资产才需要在估计使用寿命内采用系统合理的方法进行摊销；对于使用寿命不确定的无形资产，在持有期间内不需要摊销，但应当在每个会计期间进行减值测试，如经减值测试表明已发生减值，则需要计提相应的减值准备。
企业所得税法规定，内部研发无形资产，以开发过程中该资产符合资本化条件后至达到预定用途前发生的支出为计税基础；在计算应纳税所得额时，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50％加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150％摊销；未经核定的内部研发无形资产减值准备金支出，在计算应纳税所得额时不予扣除；自行开发的支出已在计算应纳税所得额时扣除的无形资产不得计算摊销费用扣除，在计算应纳税所得额时不予扣除；无形资产的摊销年限不得低于10年。
投资性房地产处理
企业会计准则规定，投资性房地产，是指为赚取租金或资本增值，或两者兼有而持有的房地产。企业所得税上对投资性房地产的处理，应依据企业所得税法对固定资产和无形资产的相关规定进行。
关于后续支出问题，企业会计准则规定，投资性房地产发生后续支出时，如果该支出将会引起相关的经济利益很可能流入企业而且该支出的成本能够可靠计量，就应该将其资本化，计入投资性房地产的成本；如果不能满足上述条件的，应当在发生的时候直接计入当期损益。企业所得税相关法规规定，符合下列条件之一的固定资产修理，应视为固定资产大修理支出：1.发生的修理支出达到固定资产原值20%以上；2.经过修理后有关资产的经济使用寿命延长2年以上。纳税人的固定资产修理支出可在发生当期直接扣除。纳税人的固定资产大修理支出，如有关固定资产尚未提足折旧，可增加固定资产价值；如有关固定资产已提足折旧，可作为递延费用，在尚可使用年限的期间内平均摊销。
关于计量问题，会计准则规定，对于采用公允价值计量模式投资性房地产，其会计处理在企业所得税上不予确认。在没有减值迹象，采用成本计量模式的会计处理与企业所得税处理基本一致，在存在减值迹象的减值损失不允许扣除。
关于转换问题，企业将投资性房地产转换为一般性固定资产或无形资产有三种情形：一是企业将原采用成本计量模式计价的投资性房地产（没有提取减值准备），转换为一般性固定资产或无形资产时，会计和企业所得税对资产的计价基本一致；二是企业将原采用成本计量模式计价的投资性房地产（已提取减值准备），转换为一般性固定资产或无形资产时，会计和企业所得税对资产的计价不一致；三是企业将原采用公允价值计量模式计价的投资性房地产，转换为一般性固定资产或无形资产时，会计和企业所得税对资产的计价不一致。
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