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所得税汇算的概念是指纳税人在纳税年度终了后规定时期内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算全年应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴的所得税数额，确定该年度应补或者应退税额，并填写年度企业所得税纳税申报表，向主管税务机关办理年度企业所得税纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。可是在检查过程中常常会有一些问题出现，以下就列举出一些在历年所得税汇算检查中常见的问题。
(一)税收减免类
1.没有按规定备案、审批。如投资收益、国债利息收入、固定资产加速折旧等
2.编造虚假资料申报减免税，如假高新企业
3.减免税项目所得与应税所得未分开核算
(二)收入类
1.不及时结转确认收入
2.隐匿收入，如边角废料、不开票收入
3.关联方往来避税。如价格问题、避税安排不按独立交易原则
4.政府补偿收入
5.财政性资金
6.不视同销售
7.股权转让收入未纳税
8.不申报资产盘盈收入
9.应付未付款未转营业外收入
10.坐支租金收入，以费用抵偿收入
11.在建工程试运行收入 国税发[1994]132号
12.债务重组收入计入资本公积
13.接受捐赠收入计入资本公积
14.企业注销不按规定计算清算所得
15.金融商品买卖所得不申报
(三)成本费用类
1.票据合法性问题
2.权责发生制原则
3.费用列支非相关性。如股东个人、高管个人费用单位报销。
4.虚开发票不合理费用
5.超标列支费用不调整
6.个人费用报销，如车辆燃油费、修理费等
7.财务利息费用，如列支其他单位或个人利息费用、票据和利率等
8.需列临时工工资薪金，有的隐瞒工资
9.食堂经费核算和白条
10.职工福利费和职工教育经费列支不合理
11.计提资产减值损失
12.虚开劳务费发票和房屋租赁发票
13.会议费发票
14.办公用品
15.差旅费津贴
16.赞助、罚款支出
17.列支不征税收入相应费用成本
18.个人商业保险费
19.捐赠支出不调整
20.资产损失没有按规定申报扣除、申报资料不全
21.税金计提未缴纳，滞纳金列入税金或费用
22.企业替个人支付个人所得税
(四)资产类
1. 资产计税基础与会计账面价值不同。如资产按评估价值入账、票据不合法
2.资产评估增值多计提折旧
3.缩短折旧年限
4.计提资产减值准备
5.股权转让价值和成本确定，如权益法核算
6.固定资产列为低耗品
7.无形资产做费用处理
8.装修费用、大修理费用一次性摊销
9.调整成本计算方法和存货计价方法
10.混淆资本化费用化支出，如利息费用费用化、运费费用化
11.企业重组资产计税基础不按规定调整
12.公允价值计量投资性房地产计提折旧
13.在建工程达到预定可使用状态停止资本化，未按规定取得发票
14.房地产企业开发成本
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